鄄城有文字记载的历史可追溯至五帝时期。
《吕氏春秋》载：“尧葬榖林，通树之。
《左传》载：茫茫禹迹，画为九州。夏商时天下分为九州。鄄城属古兖州之域。
《史记》载：舜耕于历山，陶于河滨，渔于雷泽。
《太平寰宇记》载：“濮州，今治鄄城县。古昆吾旧壤，颛顼遗墟。”
榖林、历山、雷泽均在鄄城县境。
春秋时期（前770—前476年），为卫国鄄邑，南为垂邑，东属古郕国地。
战国时期（前475—前221年），属卫国甄邑[甄，读juàn，鄄的异体字]，南为垂都，东属廪邱，东南有城阳。
秦朝（前221—前206年）改鄄邑为甄城，于县东境置都关县，东南置城阳县，均属东郡。
西汉（前202—8年），初始置鄄城县，因境内鄄邑、甄城而得名。
王莽改鄄城为鄄良。
东汉（25年-220年），为兖州济阴郡（治所定陶）鄄城县。东汉末，曹操领兖州牧时移治于鄄城（今旧城）。
三国（220—265年），属魏兖州东郡鄄城县，济阴郡城阳县地。其间鄄城曾两次改为县王国。魏文帝黄初三年（公元222年）改鄄城县为王国，四年改国为县。黄初七年（公元226）复为国。魏明帝太和六年（公元277年）改国为县。属曹魏之域兖州（治所廪丘）。后汉兖州刺史治昌邑，后移治鄄，三国因之。又属东郡（治所濮阳）鄄城县。
西晋（265—316年），属兖州濮阳国鄄城县、济阴郡城阳县地。
东晋十六国（317—420年），先后属后赵兖州济阴郡、前燕兖州东郡、前秦兖州、后燕兖州东郡，兖州、东郡均治鄄城。
南北朝（420—581年），先后为北魏、东魏济州濮阳郡鄄城县、城阳县地。北齐时省城阳县入鄄城县，北周因之。
隋朝（581—619年），先属濮阳郡，后属郓州。开皇初年（公元581年）废濮阳郡、鄄城归属东平郡。文帝开皇十六年（596年），于鄄城置濮州（濮州之名从此始）治所在鄄城。于东南置雷泽县，西南置临濮县。606年，改郓州为东平郡，废濮州，省临濮县入鄄城、雷泽二县。
唐朝（618—907年），初属鄄城县，雷泽县地。唐高祖武德四年（621年），复置濮州及临濮县，并在鄄城县置永定县，在雷泽县置长城、安邱2县。武德八年（625年），废永定县入鄄城县。唐太宗贞观元年（627年），鄄城、临濮、雷泽3县属河南道。唐玄宗天宝元年（742年），废濮州设濮阳郡，治鄄城。唐肃宗乾元元年（758年），改濮阳郡为濮州。
五代十国（907—960年），先后为后梁、后唐、后晋、后汉、后周濮州属地。梁，濮州属义成军节度使管辖；唐，濮州属天平军节度使管辖；晋、汉、州因之。
北宋（960—1127年），属京东路濮州鄄城县、临濮县、雷泽县地。
金朝（1115—1234年），属山东西路濮州鄄城县、临濮、雷泽县地。隶属大明府濮州（治所鄄城）。1154年，降临濮县、雷泽县为镇，其地并入鄄城县。
元朝（1206—1368年），属东平路濮州，忽必烈至元五年（1268年），濮州直属中书省，顺帝至元五年（1339年）属中书省济宁路濮州。
明朝（1368—1644年），初隶中书省濮州。明太祖洪武二年（1369年），废鄄城县入濮州，于鄄城置千户所，属东昌府。洪武九年（1376年），为山东承宣布政使司东昌府濮州属地。明代宗景泰二年（1451年），因黄河之患，濮州治由鄄城迁至黄河西之王村集（今河南范县濮城），鄄城故城遂称旧城，一直沿用至今。
清朝（1644—1911年），初属山东省东昌府濮州地。雍正八年（1730年），升濮州为直隶州，直属山东省。雍正十三年（1735年），又降为散州，改属曹州府。光绪三十一年（1905年），属兖沂曹济道曹州府濮州地。
中华民国（1912-1949年），民国二年（1913年），改濮州为濮县。民国二十年（1931年），“濮鄄分治”，于濮县河东地区复设鄄城县，仍属山东省第二专署。民国二十五年（1936年），并鄄城县入濮县，属山东省第十行政督察专员公署（驻聊城）。民国二十七年（1938年），濮县改属山东省第十六专署（驻菏泽）。民国二十九年（1940年）3月5日，成立鄄城抗日县政府，属运西专署。11月属鲁西行政主任公署第二专署。1941年7月，属冀鲁豫第二专署，9月属晋冀鲁豫边区第十七专署。民国三十三年（1944年）8月属冀鲁豫第八专署。民国三十五年（1946年）2月属冀鲁豫第二专署。
1948年7月，鄄城县解放。
1949年8月，鄄城县属平原省菏泽地区专署。
1953年，属山东省菏泽专署。
1958年10月，属山东济宁专署。
1959年6月，又改属菏泽专署。
1967年，属山东省菏泽地区革命委员会。
1978年，属山东省菏泽地区行政公署。
2000年12月菏泽撤区设市，自此，一直属菏泽市管辖至今。
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